En Aranjuez se encuentra el Centro de Estudios Superiores Felipe II, creado en 1999 por el gobierno de la Comunidad de Madrid, el Ayuntamiento de Aranjuez y la Universidad Complutense de Madrid. Desde 2014 está adscrito a la Universidad Rey Juan Carlos, cuyo campus en Aranjuez se reparte entre el Cuartel de Pavía, la Casa del Gobernador, el Aulario Lucas Jordán y el Edificio Maestro Rodrigo, instalaciones a las que se sumará el Hospital de San Carlos tras su rehabilitación. Los estudios que se pueden realizar incluyen los grados de Psicología, Bellas Artes, Criminología, Diseño Integral y Gestión de la Imagen, Diseño y Gestión de Moda, Fundamentos de la Arquitectura, Marketing, Paisajismo, Relaciones Internacionales y Traducción e Interpretación.
Universidad Nacional de Educación a Distancia
Tras la constitución en 2011 del Consorcio Universitario del Centro Asociado de Madrid-Sur, perteneciente a la UNED, en abril de 2012 el Ayuntamiento de Aranjuez se incorporó a dicho consorcio y se creó un Aula Universitaria, ubicada en el Centro Cultural Isabel de Farnesio. En ella se imparten cursos de acceso a la universidad para mayores de 25 y 45 años, el grado de Ciencias Ambientales y estudios del Centro Universitario de Idiomas a Distancia (CUID).